Cygwin は GNU の開発ツールを含む、UNIX のさまざまなフリーソフトウェアを Windows に移植したものです。 詳細はCygwin Project のページをご覧ください。 この移植には、UNIX の API を Windows の API でエミュレーションする ライブラリ（Cygwin DLL）と、このライブラリに対応した GNU の開発ツール（GCC、binutilsなど）が用いられています。 (下記のウェブページより引用)まあ要するに, シェルや ls とか gcc とかが使えるということです.
導入方法を詳しく説明することはしませんが,
http://www.jaist.ac.jp/~fujieda/cygwin/あたりを調べてみて下さい.