以下のことを確認してみましょう。
次のようなエラーがあると正常に出力ファイルは作成されていません。
エラーがなくなるように PAD のソースファイルを修正してください。
pad2pdf 3.11j-pl5 2006-07-04 by S. Yoshida (seiichi@muraoka.info.waseda.ac.jp) syntax error in line: 25 0% |*************************************************| 100% [1] 1 errors, 0 warnings.
pad2pdf
ではなく pad2ps
で PDF ファイルを作成していませんか。
作成されたPDF ファイルをテキストエディタで開いてみると
先頭行で PS ファイルなのか PDF ファイルなのかわかります。