WebClass の仕様の不具合により、「レポート提出」後、課題ページにアクセスし、 「終了」ボタンを押下すると、「解答時刻」が更新されていました。
この「解答時刻」をもとに提出時刻を判断していましたので、 遅れ提出でない場合も遅れ提出となっていました。